中药材施肥要在有机肥的基础上施用适量的化肥，二者的配合施用才有助于产出和药效的综合提高。近年来一些研究表明，单独多用有机肥也不完全适合于各种药材植物，如人粪尿用在人参和西洋参上容易抑制须根的发育；在黄芪上全部施有机肥的效果不如施专用复合肥的效果好。

在施用有机肥的基础上化肥的施用原则为：谨慎施用化学氮肥，重视配施化学磷钾肥，巧施中微量元素肥料。例如，以花和果为药用器官的中药材植物，要注重配施磷钾肥；以根和鳞茎为药用器官的中药材植物，要特别注意钾肥的施用。对于各种中草药植物的施肥来说，化学氮肥的使用都要特别谨慎，过量施氮会导致药性降低或者徒长与烂根。由于中药材植物既要获取适量的药材又要有较高的药效，根据近代药物化学的研究表明，起药物作用的有效成分大部分都是一些体内次生代谢产物，为了这些成分的产出和作用效果，在施肥供应上不仅要保证大量元素，还需要微量元素的参与。但很少量的微量元素肥料（一般用量在每亩4两至两公斤之间，因不同元素而异）通过土壤使用时，必先和大量有机肥掺混后才可施得均匀。当微量元素肥料直接喷施时，一定要把握肥液的适当浓度和使用次数，这样才有预期的效果。

中药材种植不宜使用的肥料：

一、含有毒害作用的肥料。主要是农作物生产中使用最多的尿素。尿素在农作物生产过程中，常生成少量的缩二脲，该物质的含量超过2％，对种子和幼苗就会产生毒害。另外，含氮量高的尿素分子也会透入药材种子的蛋白质分子结构中，使蛋白质变形，影响种子的发芽。

二、含有害离子的肥料。一类是氯化钾、氯化铵。此类化肥含有氯离子，施入后会产生水溶性的氯化物，对种子发芽和幼苗的生长不利。另一类是硝酸铵、硝酸钾。因含有硝酸根离子，对种子发芽影响很大。

三、含有腐蚀作用的肥料。如碳酸氢铵和过磷酸钙。若用此类化肥作中药材栽培时的种肥，对种子的发芽和幼苗都会产生严重危害。若土质差，一定要施用此类肥料，可将其施在沟下或底层，上面覆盖一层细土后再撒播药材种子；也可将过磷酸钙与土杂肥混合均匀后施用。在种植中药材时应避免此类化肥与药材种子的幼苗直接接触。